一般按氣流流型來分，還可按使用用途和主要控制對象來分。

1、潔凈室按氣流流型分類可分為單向流潔凈室、非單向流潔凈室、混合流潔凈室和矢流潔凈室。

2、潔凈室按用途和主要控制對象分類可分為工業(yè)潔凈室、生物潔凈室和生物安全實驗室。

生物安全實驗室是研究對人、動物、環(huán)境等有害感染性的微生物、病菌、病毒等的特殊環(huán)境條件，因此生物安全實驗室必須作到絕對安全，不僅要保護實驗研究對象，使實驗得到真實可靠的實驗數(shù)據(jù)和結(jié)果，而更重要的是保護實驗操作人員和周圍的環(huán)境，使實驗人員和周圍環(huán)境都能得到可靠的安全保障。根據(jù)世界衛(wèi)生組織（WHO）的標(biāo)準(zhǔn)，可將感染微生物的危險度等級依它們的危險程度不同劃分為4個不同的級別。而且不同危險度等級的生物安全實驗室也要有相對應(yīng)的生物安全水平。